Survei Terpadu Biologis dan Perilaku (STBP) 2013 ini dilaksanakan untuk mendapatkan gambaran besaran masalah, faktor risiko, pengetahuan dan cakupan program HIV sehingga dapat diketahui dinamika epidemi HIV di Indonesia. Survei ini dilakukan di sembilan kota/kabupaten di sembilan provinsi, di mana sebagian besar kota/kabupaten terpilih sama dengan kabupaten/kota (lokasi) STBP 2009, yaitu Palembang, Tangerang, Yogyakarta, Pontianak, Samarinda, Bitung, Makassar, Bengkulu dan Mimika. Kecuali Bengkulu yang menggantikan Sorong. STBP 2013 bertujuan untuk mengetahui prevalensi HIV dan IMS (sifilis, gonore, dan klamidia) pada populasi paling berisiko (berisiko tinggi) dan mengetahui tingkat pengetahuan tentang HIV dan AIDS, perilaku berisiko tertular atau menularkan HIV, dan cakupan intervensi program pada populasi paling berisiko dan populasi rawan. Desain STBP 2013 menggunakan desain potong lintang (cross sectional) dengan sasaran populasi sebagai berikut: 1) Populasi paling berisiko, terdiri dari Wanita Pekerja Seks Langsung (WPSL) dan tidak langsung (WPSTL), Pria Potensial Berisiko Tinggi (sopir truk, pelaut, Tenaga Bongkar Muat/TKBM, tukang ojek, dan buruh), Waria, Lelaki Seks Lelaki (LSL), dan Pengguna Napza Suntik (Penasun), serta Narapidana (Warga Binaan Pemasyarakatan/WBP), dan; 2) Populasi rawan, yaitu remaja.
STBP 2013 menggunakan desain survei cross-sectional pada 8 kelompok risiko, yaitu WPSL, WPSTL, Pria Berisiko Tinggi berdasarkan pekerjaan (Sopir Truk, ABK, TKBM, Tukang Ojek, dan Buruh), LSL, Penasun, WBP dan Remaja. Metode pengambilan sampel terdiri dari: (1) Probabilitas proporsional sampling (PPS) dua tahap untuk WPSL, WPSTL, Waria, Buruh, WBP dan Remaja, (2) Time Location Sampling (TLS) untuk Sopir Truk, dan Anak Buah Kapal (ABK), dan Tenaga Kerja Bongkar Muat (TKBM) (3) Respondent Driven Sampling (RDS) untuk Penasun dan LSL. Data biologis dikumpulkan dari populasi paling berisiko meliputi: 1) pengambilan sampel darah vena pada WPSL, WPSTL dan Waria. Untuk pengujian HIV dan sifilis dilakukan pengambilan sampel darah perifer pada buruh, WBP dan LSL (2) Untuk pengujian gonore dan klamidia dilakukan apusan vagina pada WPSL dan WPSTL dan apusan anal untuk Waria dan LSL.
